扁平疣主要是由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起的，尤其是HPV-3型等亚型病毒。据统计，约65%的健康人感染过HPV，但多数人能靠自身免疫力清除病毒，而免疫力较低的人更容易被感染从而引发扁平疣。
病毒感染途径一：直接接触传播
与患者皮肤接触： 如果直接接触扁平疣患者的皮肤，就有可能被感染。比如和扁平疣患者握手，或者共用毛巾、脸盆等个人物品，就有感染风险。因为病毒可以通过皮肤的微小破损进入人体，从而在皮肤上增殖，导致扁平疣的发生。接触被污染物品： 接触被患者污染的衣物、用具等，也可能间接感染。比如在公共浴室使用了被患者污染的拖鞋，就可能感染HPV，进而引发扁平疣。
病毒感染途径二：自身接种传播
搔抓导致扩散： 患有扁平疣的人如果用手搔抓患处，然后再搔抓身体其他部位，就可能把病毒接种到身体其他部位，引起新的扁平疣皮损。例如，搔抓脸部的扁平疣后，再搔抓手臂，手臂就可能出现新的扁平疣。免疫力下降时易发病： 当人体免疫力低下时，比如长期熬夜、过度劳累、患有某些慢性疾病等情况，身体对HPV的抵抗力减弱，就更容易感染病毒并患上扁平疣。比如长期熬夜的人，身体代谢紊乱，免疫力降低，就比作息规律的人更易感染HPV引发扁平疣。
易发人群特点
青少年和儿童： 青少年和儿童的免疫系统相对尚未完全发育成熟，抵抗力较弱，所以是扁平疣的高发人群之一。他们在学校、幼儿园等集体环境中，接触病毒的机会相对较多，更容易感染HPV引发扁平疣。比如一些小学生在学校里可能通过接触感染源而患上扁平疣。免疫力低下者： 像患有艾滋病、恶性肿瘤等疾病的人，或者长期使用免疫抑制剂的人，由于自身免疫力严重下降，对HPV的抵御能力大幅降低，比普通人更容易感染HPV并患上扁平疣。例如，长期使用糖皮质激素治疗疾病的患者，就属于免疫力低下人群，患扁平疣的几率会增加。