扁平疣主要是由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起的，其中HPV - 3型是引起扁平疣的主要病原体。一般来说，人体皮肤破损时，接触到HPV就容易被感染从而引发扁平疣。
病毒感染途径
直接接触传染： 比如和扁平疣患者直接皮肤接触，就有可能被传染。比如在学校、幼儿园等人群密集的地方，孩子之间直接接触，就有感染风险。间接接触传染： 通过接触被患者污染的物品，像共用毛巾、脸盆等，也可能感染HPV进而引发扁平疣。
自身免疫力因素
免疫力低下人群易患： 当人体免疫力较低时，比如长期熬夜、过度劳累、患有慢性疾病等情况，身体对HPV的抵御能力下降，就更容易感染HPV引发扁平疣。例如，长期熬夜的人，免疫系统功能会受到影响，相比作息规律的人更易长扁平疣。儿童和青少年相对易感： 儿童和青少年的免疫系统还在发育阶段，相对比较脆弱，所以他们感染HPV引发扁平疣的几率比成年人相对高一些。
皮肤屏障受损影响
皮肤破损增加感染机会： 当皮肤出现微小破损时，比如被指甲划伤、皮肤有擦伤等，这时候HPV就更容易侵入皮肤细胞，从而引发扁平疣。比如皮肤被尖锐物品轻微划伤后，如果接触到HPV，就可能导致扁平疣的发生。外伤后的感染风险： 皮肤受到外伤后，局部皮肤的防御功能减弱，此时接触HPV就更容易感染，进而引发扁平疣。像运动员在运动中皮肤擦伤后，若接触到HPV，就有可能患上扁平疣。