扁平疣主要是由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起的，尤其是低危型的HPV - 3、HPV - 5等型别。一般人体皮肤有破损时，接触到这些病毒就容易被感染从而引发扁平疣。比如当皮肤有细微擦伤等情况，接触到携带HPV的物品或人，病毒就可能入侵并在皮肤细胞内繁殖，导致扁平疣的形成。
病毒传播途径
直接接触传播： 比如和扁平疣患者直接握手、亲密接触等，就有可能让病毒从患者身上传播到健康人身上。要是健康人的皮肤有细微破损，就更易感染。间接接触传播： 使用扁平疣患者用过的毛巾、脸盆等个人物品，也可能间接接触到病毒而被感染。比如在公共浴室，接触了带有病毒的毛巾后，皮肤接触部位就有被感染风险。
自身免疫力影响
免疫力低下人群： 当人体免疫力比较低的时候，抵御HPV感染的能力就会下降，更容易患上扁平疣。像长期熬夜、过度劳累、患有慢性疾病等导致免疫力差的人，就比免疫力正常的人更易感染HPV引发扁平疣。儿童和青少年： 儿童和青少年的免疫系统还在发育中，相对较弱，所以也是扁平疣的高发人群之一。比如一些小学生，因为自身免疫力相对低，在学校集体生活中就可能更容易感染HPV出现扁平疣。
皮肤受损相关因素
皮肤破损情况： 皮肤有擦伤、抓伤等破损时，HPV更容易侵入。比如孩子玩耍时不小心擦伤皮肤，若接触到HPV就容易长扁平疣。而且皮肤的破损程度不同，感染风险也有差异，轻微破损可能就有一定感染可能。皮肤屏障功能： 正常完整的皮肤是抵御HPV的天然屏障，当皮肤屏障功能受损，比如皮肤干燥、过度清洁等导致屏障功能减弱时，就给了HPV可乘之机。例如有些人频繁用去角质产品，破坏了皮肤屏障，就增加了感染扁平疣的几率。