乳腺囊肿形成的原因目前尚不十分明确，可能与以下几方面因素有关。首先是内分泌紊乱，比如女性体内的雌激素水平相对过高，就容易影响乳腺的正常结构和功能，进而增加乳腺囊肿发生的几率。据研究，约有30% - 50%的乳腺囊肿患者存在内分泌失调的情况。
内分泌因素相关
雌激素水平异常： 当体内雌激素分泌过多时，会刺激乳腺导管上皮增生，导致导管扩张形成囊肿。例如，一些长期处于精神紧张状态的女性，由于神经内分泌调节紊乱，可能会引起雌激素分泌失衡。孕激素水平变化： 孕激素对乳腺组织有保护作用，如果孕激素分泌不足，就无法很好地对抗雌激素的刺激，也容易引发乳腺囊肿。比如围绝经期的女性，孕激素分泌减少，乳腺囊肿的发生率相对会增高。
乳腺结构异常方面
乳腺导管异常： 乳腺导管如果出现退行性变，导管壁的上皮细胞会发生增生，使得导管堵塞，分泌物潴留从而形成囊肿。这种情况在一些乳腺结构本身就存在轻微异常的女性中较为常见。腺叶或小叶导管堵塞： 当乳腺的腺叶或小叶导管发生堵塞时，乳汁等分泌物不能正常排出，积聚在导管内就会形成囊肿。尤其是在哺乳期，如果有局部导管堵塞的情况，就可能增加乳腺囊肿出现的风险。
生活方式影响
饮食因素： 长期高脂肪饮食的女性，乳腺囊肿的发病风险可能会增加。因为高脂肪饮食会影响体内激素的平衡，进而对乳腺组织产生不良影响。比如一些喜欢吃油炸食品、肥肉等高脂肪食物的女性，相对更容易出现乳腺囊肿相关问题。作息不规律： 长期熬夜、作息紊乱的女性，身体的内分泌调节会受到干扰，也可能导致乳腺囊肿的发生几率上升。有研究发现，长期熬夜的女性比作息规律的女性患乳腺囊肿的可能性要高出约20%。