慢性肠炎的治疗药物需根据具体病情来选，一般常用的有抗生素类、止泻类、调节肠道菌群类药物等。比如对于细菌感染引起的慢性肠炎，可能会用到抗生素，不过具体用药得遵医嘱。
抗生素类药物
针对细菌感染：如果慢性肠炎是由细菌感染导致，常用的有诺氟沙星，它对肠道常见的革兰阴性菌有较好的抗菌作用。但需要注意，18岁以下的人群禁止使用诺氟沙星，因为可能会影响骨骼发育。另一种情况：黄连素也可用于细菌感染引起的慢性肠炎，它有一定的抑菌作用，相对副作用可能较小一些。
止泻类药物
蒙脱石散：这是比较常用的止泻药，它可以在肠道表面形成一层保护膜，吸附肠道内的毒素和病菌，从而达到止泻的效果。一般成人每次可以服用1袋（3克），每天3次。不过，如果是感染性腹泻，不能单纯只靠蒙脱石散止泻，还需要配合抗感染治疗。药用炭：也能吸附肠道内的气体和毒素，起到止泻作用，适用于轻度腹泻的情况。但如果是剧烈腹泻或者腹泻伴有发热等症状，就不建议单独使用药用炭了。
调节肠道菌群类药物
双歧杆菌四联活菌片：里面含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等多种有益菌，能调节肠道菌群平衡，改善肠道功能。一般成人一次服用2 - 3片，一天3次，饭后用温水送服。它可以用于因肠道菌群失调引起的慢性肠炎，帮助恢复肠道正常的消化和吸收功能。枯草杆菌二联活菌颗粒：同样是调节肠道菌群的药物，含有枯草杆菌和屎肠球菌等有益菌，适合儿童以及成人。儿童服用时，根据年龄不同剂量有所差异，一般可以用低于40℃的温水或牛奶冲服。它能改善慢性肠炎导致的肠道功能紊乱等问题。