胆管结石的治疗方案需根据病情而定，一般来说，对于无症状的胆管结石，可定期观察；而有症状或并发症的胆管结石，多需手术治疗。手术治疗中，腹腔镜胆管探查取石术创伤相对较小，术后恢复较快，一般住院时间约7~10天。
药物治疗情况
辅助排石药物： 熊去氧胆酸等药物可在一定程度上辅助胆汁成分改变，促进较小结石的排出，但通常仅适用于部分胆固醇结石等情况，且一般需要连续服用数月。不过，药物治疗对于较大的胆管结石往往效果有限。抗感染药物： 当胆管结石引起胆管炎等感染情况时，会使用抗生素，如头孢菌素类等，来控制感染，但这只是对症的辅助治疗，不能从根本上解决结石问题。
手术治疗方式
腹腔镜胆管探查取石术： 这是较为常用的微创手术方式。通过在腹部打几个小孔，插入腹腔镜和手术器械进行操作。对于适合的患者，术后恢复相对较快，一般术后1~2天可肠道排气，1周左右可基本恢复日常生活，但具体恢复时间也因个体差异有所不同。开腹胆管探查取石术： 适用于病情较为复杂、腹腔镜手术难以完成的情况。这种手术创伤相对较大，术后恢复时间较长，一般需要10~14天甚至更长时间才能基本康复，术后切口感染等并发症的风险也相对较高。
内镜治疗手段
内镜逆行胰胆管造影（ERCP）： 通过口腔、食管、胃到达十二指肠，找到胆管开口，插入内镜器械取出结石。对于胆总管结石等情况有较好的疗效，一般术后观察1~2天若无异常即可出院，但术后需注意胆管炎等并发症的发生。不过，该方法也有一定的适用范围和禁忌证，并非所有胆管结石患者都适合。