良性肿瘤并非都要切除，有些较小且无症状的良性肿瘤可以密切观察。比如直径小于1厘米的甲状腺良性小结节，若没有压迫症状等，可以定期复查超声，每6~12个月检查一次。
肿瘤位置与大小影响切除决策
位置表浅且小的肿瘤：如果良性肿瘤生长在皮肤表面等表浅部位，且体积非常小，比如直径在0.5厘米以内的皮肤纤维瘤，对外观和功能影响不大时，可不急于切除，继续观察其变化。位置深或较大的肿瘤：当良性肿瘤生长在重要器官附近或体积较大时，就需要考虑切除。例如颅内的良性肿瘤，即使是良性，如果肿瘤体积较大压迫周围脑组织，可能会引起头痛、呕吐、视力障碍等症状，通常需要手术切除来解除压迫。再如腹腔内的较大的肝血管瘤，若直径超过5厘米，有破裂出血风险时，也多建议手术切除。
肿瘤生长速度的影响
生长缓慢的肿瘤：一些良性肿瘤生长非常缓慢，如某些包膜完整的脂肪瘤，好几年才增大一点点，这种情况下可以暂时不切除，定期复诊观察大小变化。生长较快的肿瘤：如果良性肿瘤在短时间内明显增大，比如几个月内体积增大了一倍，就要警惕有恶变可能，一般建议尽早切除，防止发生不良转变。
有无症状表现的影响
无症状的良性肿瘤：像一些肺部的小的错构瘤，患者没有咳嗽、胸痛等任何不适症状，这类肿瘤可以先不做切除，定期通过胸部CT等检查监测。有症状的良性肿瘤：当良性肿瘤出现相关症状时，通常需要切除。比如肠道的良性息肉，若引起腹痛、便血等症状，就需要通过内镜下切除等方式处理，避免长期刺激导致肠道病变加重。