肛周脓肿主要是肛腺感染引起的，肛腺开口在肛管直肠交界处的肛窦处，肛窦易受粪便损伤而感染，然后炎症蔓延到肛腺，肛腺化脓后向周围间隙扩散就形成了肛周脓肿。据统计，约90%的肛周脓肿由肛腺感染引发。
肛腺感染引发
肛窦损伤是诱因： 肛管直肠部位，肛窦形似口袋，容易积存粪便等异物，当粪便等损伤肛窦时，细菌就容易侵入肛腺。比如长期便秘的人，大便干结容易划伤肛窦，增加感染风险。肛腺化脓扩散： 肛腺被感染后会发炎化脓，脓液沿着组织间隙蔓延。由于肛周的间隙组织疏松，脓液会向周围的肛周间隙扩散，从而形成肛周脓肿。
局部卫生不良因素
不注意清洁： 肛门周围容易残留粪便等污物，如果不注意局部清洁，细菌就容易滋生。例如有些人群不经常清洗肛门，尤其是久坐人群，局部环境潮湿且细菌多，增加了肛周感染的可能性。肛周皮肤破损： 肛周皮肤如果有擦伤、湿疹等破损情况，细菌更容易侵入。比如患有肛周湿疹的人，皮肤处于敏感破损状态，就更易引发肛腺感染进而形成肛周脓肿。
全身抵抗力下降因素
营养不良人群： 长期营养不良的人，身体抵抗力较弱，容易受到细菌侵袭。像一些挑食、饮食单一导致营养不均衡的人，身体抵御感染的能力下降，更容易发生肛腺感染形成肛周脓肿。患有基础疾病人群： 比如糖尿病患者，高血糖环境有利于细菌生长繁殖，而且糖尿病会影响人体的免疫功能，使身体抗感染能力降低，容易并发肛周脓肿。另外，艾滋病患者由于免疫系统受损，也比常人更易出现肛周脓肿等感染性疾病。