肛周脓肿主要是肛腺感染引起的。肛腺开口在肛管直肠交界处的肛窦处，肛窦易受粪便损伤而感染，然后蔓延至肛腺。肛腺感染后炎症向周围蔓延，就可能形成肛周脓肿。据统计，约90%的肛周脓肿由肛腺感染引发。
肛腺感染是主因
肛窦损伤： 粪便容易滞留于肛窦，导致肛窦发炎，这是引发肛腺感染的常见原因。比如长期便秘的人，粪便干硬，更容易擦伤肛窦。肛腺堵塞： 肛腺分泌的液体排出不畅时，就容易滋生细菌，进而引发感染，为肛周脓肿的形成埋下隐患。
身体抵抗力下降的影响
长期患病者： 像糖尿病患者，由于血糖控制不佳，身体抵抗力相对较低，更容易受到细菌侵袭，从而增加肛周脓肿的发病风险。免疫力低下人群： 比如长期服用免疫抑制剂的人，自身免疫系统功能受影响，对细菌的抵御能力减弱，肛周部位感染后就较易发展成脓肿。
其他相关因素
肛门局部损伤： 肛门部位受到外伤，如被异物划伤等，细菌容易侵入伤口，引发感染，若感染扩散就可能形成肛周脓肿。不良生活习惯： 长期久坐、不注意肛门局部清洁等不良生活习惯，会使肛门局部环境利于细菌滋生，增加肛周脓肿的发生几率。例如，一些司机因为工作性质长期久坐，就属于肛周脓肿的高发人群之一。