脑炎是由多种原因引起的中枢神经系统感染性疾病。引起脑炎的常见原因有病毒感染、细菌感染以及其他病原体感染等。比如，病毒性脑炎中，肠道病毒引起的病毒性脑炎较为常见，约占病毒性脑炎的1/3左右。
病毒感染引发脑炎
肠道病毒： 肠道病毒是引发病毒性脑炎的常见病原体之一，像柯萨奇病毒、埃可病毒等都属于肠道病毒，它们可通过消化道等途径侵入人体，进而侵犯中枢神经系统引发脑炎。疱疹病毒： 单纯疱疹病毒是导致脑炎的重要病毒，其中单纯疱疹病毒性脑炎较为严重，它会引起脑组织的炎症、坏死等病变，对患者的神经系统功能可能造成较大影响。
细菌感染导致脑炎
肺炎链球菌： 肺炎链球菌可通过血液循环等途径到达脑部引发感染，儿童和老年人相对更容易受到肺炎链球菌的侵袭而患上脑炎，它会引发化脓性的脑膜炎症等改变。脑膜炎奈瑟菌： 脑膜炎奈瑟菌引起的流行性脑脊髓膜炎也属于细菌感染导致的脑炎类型，在人群密集场所容易传播，会导致脑膜的炎症反应，出现发热、头痛、呕吐等一系列症状。
其他病原体感染相关脑炎
真菌： 新型隐球菌是常见的引起真菌性脑炎的病原体，通常在免疫力低下的人群中更容易发病，比如艾滋病患者等，真菌会在脑部引起慢性的炎症过程。寄生虫： 某些寄生虫也可引起脑炎，比如脑型疟疾是由疟原虫感染引起，疟原虫通过血液循环到达脑部，导致脑部的炎症等病变；还有广州管圆线虫感染也可能引发脑炎，多与食用未煮熟的受感染的螺类等有关。