肠道功能紊乱时常用的药物有调节肠道菌群的药物、胃肠动力调节药等。比如调节肠道菌群的药物中，双歧杆菌四联活菌片可以调节肠道菌群平衡，一般来说这类药物能在一定程度上改善肠道功能紊乱情况。
调节肠道菌群的药物
双歧杆菌四联活菌片： 它含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等多种有益菌，能补充肠道有益菌群，抑制有害菌生长，从而改善肠道功能紊乱引起的腹泻、便秘等问题。但对本品过敏者禁用。枯草杆菌二联活菌颗粒： 可直接补充正常生理菌丛，抑制致病菌，促进营养物质的消化、吸收，抑制肠源性毒素的产生和吸收，达到调整肠道内菌群失调的目的。不过，抗生素可能会影响该药物疗效，需间隔服用。
胃肠动力调节药
多潘立酮片： 能促进胃肠蠕动，加快胃排空，缓解因肠道功能紊乱导致的腹胀、早饱等症状。但嗜铬细胞瘤、乳癌、机械性肠梗阻、胃肠出血等疾病患者禁用。莫沙必利片： 可促进乙酰胆碱的释放，增强胃肠道蠕动，改善功能性消化不良、肠道功能紊乱引起的相关症状。但对本品过敏者禁用，胃肠道出血、肠梗阻或穿孔者禁用。
缓解腹痛的药物
匹维溴铵片： 是一种对胃肠道具有高度选择性解痉作用的钙拮抗药，用于治疗与肠道功能紊乱有关的疼痛、排便异常和胃肠不适。孕妇禁用，严重的肝功能不全者禁用。曲美布汀片： 可调节胃肠道运动，对胃肠道功能紊乱引起的食欲不振、恶心、呕吐、嗳气、腹胀、腹痛、腹泻、便秘等症状有一定的改善作用。不过，对本品过敏者禁用。需要注意的是，药物的使用应在医生的指导下进行，因为每个人肠道功能紊乱的具体情况不同，医生会根据患者的年龄、病情等综合因素来选择合适的药物。同时，除了药物治疗，还可以通过调整饮食结构（如多吃富含膳食纤维的食物）、保持良好的作息和心态等非药物方式来辅助改善肠道功能紊乱。