肛周脓肿主要是肛腺感染引起的，约90%的肛周脓肿由肛腺阻塞感染所致。肛腺开口在肛窦处，若肛窦受损伤发炎，细菌就容易侵入肛腺，然后蔓延到肛周间隙引发脓肿。
肛腺感染相关因素
肛窦损伤： 腹泻、便秘等情况容易导致肛窦损伤，比如长期便秘的人，干结的大便容易擦伤肛窦，使细菌有可乘之机侵入肛腺。据统计，约半数以上的肛周脓肿患者有长期便秘或腹泻的经历。肛窦炎症： 肛窦本身容易被粪便污染，一旦发生炎症，就会影响肛腺的正常引流，进而引发感染。比如一些人饮食不规律，经常吃辛辣刺激食物，容易诱发肛窦炎症，增加肛周脓肿的发病风险。
其他感染途径引发
肛周皮肤感染： 肛周皮肤发生疖、痈等感染时，细菌可侵入皮下组织，进而波及肛周间隙导致脓肿。比如皮肤卫生状况差，容易滋生细菌，若肛周皮肤有小的破损，细菌就可能入侵。肛管直肠损伤： 肛门直肠受外伤，如异物、肛门指检损伤等，也可能使细菌侵入而引发感染。例如进行肛门指检时操作不当，可能会损伤肛管直肠黏膜，从而为细菌感染创造条件。
全身性疾病影响
糖尿病患者： 糖尿病患者由于血糖控制不佳，身体抵抗力下降，容易发生各种感染，包括肛周感染。研究发现，糖尿病患者发生肛周脓肿的概率比正常人高2 - 3倍。因为高血糖环境有利于细菌生长繁殖，而且患者自身的免疫功能受到影响，难以有效抵御细菌感染。白血病患者： 白血病患者在化疗等治疗过程中，往往会出现粒细胞缺乏等情况，机体抵抗力极度低下，容易发生肛周感染，进而引发肛周脓肿。这类患者一旦发生肛周脓肿，病情往往比较严重，治疗也相对困难。