肛周脓肿主要是由肛腺感染引起的，约90%的肛周脓肿是因肛腺阻塞感染所致。比如肛腺开口于直肠肛瓣处，若粪便干结等原因导致肛瓣受损，细菌就容易侵入肛腺，引发感染，然后感染向周围蔓延就可能形成肛周脓肿。
肛腺感染相关因素
粪便因素： 粪便中的异物、硬结等容易损伤肛瓣，像长期便秘的人，大便干结粗硬，通过肛门时更易擦伤肛瓣，从而增加肛腺感染风险。肠道疾病影响： 患有肠炎、痢疾等肠道疾病时，肠道内细菌数量增多且活性增强，也会加大肛腺被感染的几率，进而可能引发肛周脓肿。
身体免疫力方面
免疫力低下人群： 比如糖尿病患者，由于血糖控制不佳，身体抵抗力下降，白细胞的吞噬功能受限，更容易受到细菌侵袭，发生肛腺感染后也就更易发展为肛周脓肿。长期熬夜人群： 长期熬夜会打乱人体生物钟，影响免疫系统的正常功能，使身体抵御细菌感染的能力减弱，增加肛周脓肿的发病可能。
局部卫生问题
不注意清洁： 肛门周围皮肤褶皱多，若不经常清洁，污垢、细菌容易积聚，容易导致肛腺感染。尤其是排便后没有擦拭干净或者长时间不清洗肛门的人，感染风险更高。穿着不恰当： 穿着紧身、不透气的内裤，会使肛门局部环境潮湿闷热，利于细菌滋生繁殖，增加肛周脓肿的发生概率。比如一些人喜欢穿紧身化纤内裤，就不利于肛门部位的通风干燥。