先天性巨结肠主要症状表现为排便困难。新生儿期多在出生后48小时内无胎便排出，或仅有少量胎便排出，需通过灌肠等方式才排出。约有1/3患儿会在生后2-3周出现低位肠梗阻症状，表现为腹胀逐渐加重，呕吐，呕吐物含有胆汁或粪便样物，腹部可见肠型。
排便方面的表现
胎便排出延迟：大多数先天性巨结肠患儿在出生后48小时内没有胎便排出，或者仅有少量胎便排出，这是比较典型的早期表现。有些患儿可能需要借助开塞露、灌肠等方式才能排出胎便。顽固性便秘：随着患儿长大，会出现顽固性便秘的情况。表现为排便间隔时间延长，例如原本每天排便一次，现在可能3 - 5天甚至更长时间才排便一次。而且排便困难，需要用力排便，有的孩子可能会因为排便困难而哭闹不安。
腹胀情况
进行性腹胀：出生后不久就会出现腹胀，并且会逐渐加重。小婴儿的腹部会明显膨隆，看起来像青蛙肚一样。腹胀严重时，腹壁紧张发亮，有时可看到明显的肠型。腹胀伴随不适：患儿可能会因为腹胀而出现食欲下降，精神状态也可能受到影响，表现为烦躁不安等。
其他伴随症状
呕吐：部分患儿会出现呕吐症状，呕吐物可以是奶汁、胆汁甚至粪便样物质。这是因为肠道梗阻，内容物无法顺利通过，向上反流导致呕吐。发育迟缓：由于长期排便不畅，营养物质吸收受到影响，患儿可能会出现发育迟缓的情况，比如体重增长缓慢，身高增长也可能低于正常同龄儿童。