扁桃体肥大的处理需根据具体情况而定。一般来说，轻度的扁桃体肥大如果没有明显症状，可能暂时不需要特殊治疗，但要密切观察。而中重度的扁桃体肥大可能需要采取药物治疗或手术治疗等方式。
药物治疗情况
抗生素使用：
如果扁桃体肥大是由细菌感染引起，常用青霉素类抗生素，如青霉素G。青霉素G对大多数革兰阳性菌、部分革兰阴性菌有杀菌作用，能抑制细菌细胞壁的合成。但使用前需做青霉素皮试，阳性者不能使用。如果患者对青霉素过敏，可选用头孢菌素类抗生素，如头孢克洛，它对多种细菌有抗菌活性，能干扰细菌细胞壁的合成。
糖皮质激素应用：
对于因过敏等因素导致的扁桃体急性肥大，可短期使用糖皮质激素，如泼尼松。泼尼松能减轻炎症反应，缓解扁桃体的肿胀。但糖皮质激素有一定副作用，如长期使用可能导致免疫力下降等，所以需要在医生严格指导下使用，一般短期应用后要逐渐减量停药。
观察等待情况
儿童轻度肥大：
对于3 - 5岁的儿童，如果扁桃体只是轻度肥大，且没有频繁的扁桃体发炎、打鼾等明显症状，可以先观察。因为儿童的扁桃体在6 - 7岁时可能会达到生理性肥大的高峰，部分儿童随着年龄增长，扁桃体可能会逐渐缩小。在观察期间，要注意让孩子保持口腔清洁，多喝水，避免过度用嗓等。
无症状成人肥大：
成年患者如果扁桃体肥大，但没有咽痛、发热、呼吸困难等任何不适症状，也可以选择观察。不过要定期复查，观察扁桃体的大小变化以及是否出现新的症状。比如每半年到一年进行一次咽喉部检查，包括喉镜等检查，了解扁桃体的情况。
手术治疗情况
手术适应证：
当扁桃体肥大导致反复的扁桃体炎发作，一年发作7 - 8次及以上；或者扁桃体肥大引起睡眠呼吸暂停低通气综合征，出现夜间打鼾、呼吸暂停、白天嗜睡等症状；又或者扁桃体肥大怀疑有恶变倾向时，就需要考虑手术治疗。例如，患者因为扁桃体肥大经常发烧，每年发烧次数超过7次，严重影响生活质量，就可以考虑手术切除扁桃体。
手术方式及术后注意：
手术一般采用扁桃体剥离术或扁桃体挤切术等。术后要注意伤口护理，术后24小时内唾液中带少量血丝是正常现象。要让患者吃冷流质食物，如冰淇淋、冷牛奶等，有助于减轻疼痛和肿胀。术后还要注意预防感染，按照医生要求服用抗生素等药物，一般术后1 - 2周伤口逐渐愈合。