上呼吸道感染主要是由病毒和细菌感染引起的，其中病毒感染是最常见的原因，约占70%~80%。
病毒感染因素
鼻病毒： 鼻病毒是引起普通感冒的主要病原体之一，它容易在人群密集的场所传播，比如学校、办公室等。它会侵犯上呼吸道的黏膜，引发鼻塞、流涕、打喷嚏等症状。流感病毒： 流感病毒分为甲型、乙型等类型，流感病毒引起的上呼吸道感染往往具有较强的传染性，在流感流行季节，发病率会明显升高。感染流感病毒后，患者通常会出现高热、头痛、全身酸痛等较明显的全身症状，同时也伴有上呼吸道的局部症状。
细菌感染因素
溶血性链球菌： 溶血性链球菌是导致上呼吸道细菌感染的常见病菌之一。当人体抵抗力下降时，溶血性链球菌容易侵入上呼吸道，引发扁桃体炎等疾病，患者会出现扁桃体红肿、疼痛，有的还会有化脓的表现。肺炎链球菌： 肺炎链球菌也可引起上呼吸道感染相关疾病，比如可能导致中耳炎等并发症。它感染上呼吸道后，会引起局部的炎症反应，影响呼吸道的正常功能。
环境与自身因素
环境因素： 长期处于空气污染严重的环境中，比如空气中含有大量的烟雾、粉尘等，会刺激上呼吸道黏膜，降低呼吸道的防御能力，从而容易引发上呼吸道感染。另外，气温突变，如突然降温，人体来不及适应，也会使上呼吸道的抵抗力下降，增加感染的几率。自身因素： 身体免疫力较低的人群，比如老年人、儿童以及患有慢性疾病（如糖尿病、艾滋病等）的人，更容易受到病原体的侵袭而发生上呼吸道感染。例如，儿童的免疫系统还未完全发育成熟，相对更容易患上呼吸道感染；老年人随着年龄增长，免疫力逐渐下降，也较容易感染。