小儿高烧39度反复发作的常见原因包括感染性因素与非感染性因素。若小儿出现反复高烧，必须及时明确病因并加以治疗。
一、感染性因素：
1.这是导致反复高烧最常见的原因，通常由病毒、细菌、支原体、衣原体等感染引起。
(1)若出现反复高烧，应就医检查引起感染的病原体。
(2)根据具体情况进行抗感染、抗病毒、抗真菌等治疗，同时可辅以物理方式降温。比如因细菌感染引起的，可选择敏感的抗生素药物如头孢拉定、阿莫西林等进行抗感染治疗，同时应用退热药物如布洛芬、对乙酰氨基酚等，还可配合温水擦拭或冰敷等物理方式来辅助降温。而若因衣原体、支原体感染导致发热，则可选择大环内酯类抗生素如罗红霉素。
二、非感染性因素：
1.如川崎病、积食等也可能引起小儿反复高烧。
(1)当孩子高烧反复发作且持续时间超过三天，应尽快就医明确高烧反复发作的原因。
(2)家长要注意小儿有无其他不适症状，如大小便异常、皮疹、关节红肿等。比如川崎病，会有发热症状，体温可高达39～40℃，同时小儿身上会出现皮疹，常被误诊为感冒、麻疹或猩红热等。一旦误诊延误治疗时机，很可能发展成小儿冠状动脉病变，这是成年后发生冠心病的潜在危险因素，所以家长要特别留意。在起病3～4天会出现无脓性分泌物，烧退后会消散。唇充血皲裂，口腔黏膜弥漫充血，舌乳头突起、充血，呈草莓舌，以及手足硬性水肿和掌跖红斑，还会在一周内出现多形性红斑和猩红热样皮疹。治疗目的是控制全身非特异性血管炎，防止冠状动脉损伤的发生，通常会采用静脉注射免疫球蛋白或丙种球蛋白、阿司匹林、皮质激素等药物进行治疗。
总之，对于小儿高烧39度反复发作的情况，要重视并仔细查找原因，以便采取恰当的治疗措施。