宝宝三个月晚上睡觉总是动来动去、不踏实，可能有以下原因：
1.生理因素：
睡眠环境：宝宝的睡眠环境过冷或过热、被褥过厚、周围环境嘈杂等，都可能影响宝宝的睡眠质量。
饥饿或口渴：宝宝在夜间可能会因为饥饿或口渴而醒来，导致睡眠不安稳。
尿裤不适：尿裤过湿或过紧也会让宝宝感到不舒服，影响睡眠。
2.维生素D缺乏：宝宝体内维生素D不足，可能会导致钙吸收不良，引起神经兴奋性增加，从而出现睡眠不安、多汗、易惊等症状。
3.消化不良：宝宝如果消化不良，腹部不适，也可能会影响睡眠。
4.其他：宝宝白天受到惊吓、过度兴奋，或患有湿疹等皮肤疾病，也可能导致晚上睡觉动来动去、不踏实。
针对以上原因，可以采取以下措施：
1.调整睡眠环境：保持适宜的温度和湿度，为宝宝提供安静、舒适的睡眠环境。
2.及时喂养：睡前确保宝宝吃饱，但也不要过度喂养，以免引起消化不良。
3.保持干爽：及时更换尿裤，让宝宝的小屁屁保持干爽。
4.补充维生素D：按照医生的建议，给宝宝补充维生素D滴剂。
5.腹部按摩：在宝宝睡前，家长可以顺时针按摩宝宝的腹部，帮助宝宝排气，缓解腹部不适。
6.安抚宝宝：宝宝睡觉动来动去时，可以轻轻抚摸宝宝的背部或手臂，给予宝宝安全感。
7.避免刺激：白天不要让宝宝过度兴奋或受到惊吓，睡前不要玩得太激烈。
如果宝宝的睡眠问题持续时间较长或伴有其他异常症状，如哭闹、发热、咳嗽等，建议及时就医，以便确定具体原因并采取相应的治疗措施。