肠功能失调可以使用一些调节肠道菌群的药物来改善，比如双歧杆菌四联活菌片，一般来说这类药物能在一定程度上调节肠道菌群平衡，缓解肠功能失调相关症状。
调节肠道菌群类药物
双歧杆菌四联活菌片： 它含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等多种有益菌，能补充肠道有益菌群，抑制有害菌生长，对肠功能失调有一定调节作用。地衣芽孢杆菌活菌胶囊： 可促进肠道有益菌生长，抑制有害菌繁殖，帮助恢复肠道正常菌群，改善肠功能失调引发的腹泻、腹胀等情况。
促进胃肠动力类药物
多潘立酮： 能促进胃肠蠕动，加快胃排空，缓解因胃肠动力不足导致的肠功能失调引起的腹胀、早饱等症状。但需要注意，孕妇慎用。莫沙必利： 同样是促进胃肠动力的药物，可增强胃肠道蠕动，改善消化不良、肠功能失调相关的不适，不过老年人使用时要留意身体反应。
针对腹泻的药物
蒙脱石散： 如果肠功能失调伴有腹泻症状，蒙脱石散可以吸附肠道内的病菌和毒素，保护肠道黏膜，起到止泻作用。一般成人每次服用1袋（3克），儿童用量需遵医嘱。黄连素： 具有一定的抑菌作用，对于因肠道细菌感染等引发的肠功能失调腹泻有一定疗效，但儿童使用时要严格控制剂量。
针对便秘的药物
乳果糖口服溶液： 能增加肠道内的渗透压，使水分保留在肠道中，软化粪便，促进排便，适用于肠功能失调导致的便秘情况。不过，糖尿病患者要在医生指导下使用。聚乙二醇4000散： 可以增加大便含水量，使大便松软易于排出，缓解肠功能失调引起的便秘问题，老年人也可使用，但要注意药物的不良反应。