治疗脑梗塞并没有绝对最好的药，需要根据发病时间等情况选择合适药物。一般在发病4.5小时内符合溶栓指征的患者，可考虑使用阿替普酶等溶栓药物。
溶栓类药物
阿替普酶： 是常用的溶栓药物，能激活体内纤溶酶原转化为纤溶酶，溶解血栓，恢复脑部血流。但需要在发病4.5小时内使用，超过这个时间窗一般不能用。尿激酶： 也可用于溶栓，通过激活纤溶酶原发挥作用，不过同样有时间限制，一般在发病6小时内可考虑使用。
抗血小板聚集药物
阿司匹林： 通过抑制血小板的环氧化酶，减少血栓素A2的生成，从而抑制血小板聚集。一般建议脑梗塞患者长期小剂量服用，能降低复发风险。氯吡格雷： 作用机制是抑制血小板表面的ADP受体，阻止血小板聚集。对于不能耐受阿司匹林的患者可以选用，或者与阿司匹林联合使用。
神经保护类药物
依达拉奉： 具有清除自由基的作用，能减轻脑梗塞引起的神经细胞损伤，改善预后。通常是静脉滴注给药。胞磷胆碱钠： 可以改善脑部代谢，促进神经功能恢复，对脑梗塞后的神经细胞有一定保护作用，可通过静脉或口服给药。
控制基础疾病药物
降压药： 如果脑梗塞患者伴有高血压，需要根据情况使用降压药物，将血压控制在合适范围，比如常用的有氨氯地平等，要注意平稳降压，避免血压波动过大。降糖药： 对于合并糖尿病的脑梗塞患者，需使用降糖药物控制血糖，像二甲双胍等，要使血糖维持在合理水平，有利于病情恢复和预防并发症。