衣原体感染的症状表现因感染部位不同而有所差异。比如泌尿生殖道感染衣原体时，男性可能出现尿道刺痒、灼痛，还可能有尿频、尿急，尿道口轻度红肿，分泌物稀薄，量少，为浆液性或脓性，晨起时可能有糊口现象；女性泌尿生殖道感染衣原体后，可能出现宫颈炎症，表现为宫颈充血、水肿、糜烂，有黏液脓性分泌物，还可能有阴道分泌物增多、外阴瘙痒等症状。
泌尿生殖道感染症状
男性泌尿生殖道衣原体感染： 除了上述尿道刺痒、灼痛等表现外，部分患者可能合并附睾炎，出现附睾肿大、疼痛、触痛等症状，严重时可影响生育功能。一般症状持续时间如果不及时治疗可能会迁延不愈。女性泌尿生殖道衣原体感染： 除了宫颈炎症相关表现，还可能引发盆腔炎，出现下腹部疼痛、发热、阴道异常出血等症状，若不及时治疗，可能导致输卵管粘连、阻塞，引起不孕或宫外孕等严重后果。
眼部感染症状
沙眼衣原体眼部感染： 可引起沙眼，初期患者会有眼睛异物感、烧灼感、发痒、流泪、分泌物增多等症状，随着病情发展，可能出现结膜充血、乳头增生、滤泡形成、角膜血管翳等，严重时会影响视力，甚至导致失明。
呼吸道感染症状
肺炎衣原体呼吸道感染： 儿童感染后多表现为咽炎、喉炎、支气管炎、肺炎等。起病相对较缓，初期可能有上呼吸道感染症状，如咳嗽、流涕等，之后咳嗽逐渐加重，可为持续性咳嗽，有的还伴有发热、咽痛等，一般病程相对较长。成人感染后也可出现类似症状，但症状可能相对较轻。