衣原体感染的症状表现因感染部位不同而有所差异。男性感染衣原体时，约有50%的人会出现尿道不适、发痒、烧灼感或刺痛等症状，还可能伴有不同程度的尿频、尿急、尿痛，尿道口可能会轻度红肿，分泌物稀薄、量少，为浆液性或脓性。女性感染衣原体后，可能会出现宫颈炎症，表现为宫颈充血、水肿、糜烂，有黏液脓性分泌物，部分人会有阴道瘙痒、下腹不适等症状，若感染上行至输卵管，可能会出现下腹部疼痛、性交痛等，严重时可能影响生育，导致输卵管粘连、阻塞等。
男性衣原体感染症状特点
尿道不适表现： 男性感染衣原体后，早期可能会感觉尿道内有轻微的不适，这种不适可能会持续数天甚至数周。比如有些男性会觉得尿道有隐隐的痒感，这种痒感不是特别剧烈，但会持续存在，影响日常生活。分泌物情况： 尿道口可能会有少量稀薄的分泌物，初期分泌物可能比较少，颜色可能接近透明或略带白色，在晨起时可能会发现尿道口有少量分泌物结痂的情况，将尿道口封住。
女性衣原体感染症状表现
宫颈炎症表现： 女性感染衣原体后，宫颈会出现明显变化，宫颈会充血、水肿，看起来比正常状态更红，而且宫颈表面可能有糜烂现象，同时会有黏液脓性的分泌物，这种分泌物比较黏稠，量相对较多，可能会从宫颈口流出。全身及其他症状： 部分女性可能会出现低热情况，体温一般在37.5℃~38℃左右，还可能伴有乏力、食欲不振等全身症状。如果感染扩散到输卵管等部位，会出现下腹部持续性疼痛，在性交时疼痛会加剧，对生育功能产生影响，增加宫外孕的发生风险等。
新生儿衣原体感染症状
眼部感染症状： 新生儿通过产道感染衣原体后，多在出生后5~14天出现眼部症状，主要表现为结膜炎，眼睛会出现红肿、有较多黏液脓性分泌物，眼睛睁不开，分泌物会粘住眼睑，若不及时处理，可能会影响视力发育。呼吸道感染症状： 部分新生儿还可能出现呼吸道感染症状，如咳嗽，刚开始可能是轻微咳嗽，随着病情发展，咳嗽会加重，可能会出现气促等表现，严重时会影响呼吸功能。