衣原体感染的症状表现因感染部位不同而有所差异。男性感染衣原体后，可能出现尿道刺痒、烧灼感和排尿疼痛等症状，少数人还会有尿频情况。部分患者晨起时会发现尿道口有少量黏液性分泌物，或仅有痂膜封口，有时需用手挤压尿道才能见到分泌物。
泌尿生殖系统感染症状
男性泌尿生殖系统：除了上述尿道相关症状外，还可能引发附睾炎，表现为附睾肿大、疼痛、触痛明显，严重时阴囊皮肤也会红肿，疼痛向同侧腹股沟及下腹部放射。女性泌尿生殖系统：感染后可能出现宫颈炎，表现为宫颈充血、水肿、触之易出血，有黏液脓性分泌物；还可能引发尿道炎，出现尿频、尿急、尿痛等症状，部分女性可能没有明显症状，但仍具有传染性。
眼部感染症状
沙眼衣原体感染眼部：可引起沙眼，急性期表现为眼红、眼痛、异物感、怕光、流泪、分泌物增多等，分泌物初期为黏液性，后期变为脓性。慢性期可能出现眼睑内翻、倒睫、角膜混浊等并发症，严重影响视力甚至导致失明。
呼吸道感染症状
肺炎衣原体感染呼吸道：儿童感染后多表现为轻症，如发热、咳嗽，咳嗽一般为干咳或少量黏痰，可持续数周。成人感染后症状相对较重，可能出现发热、咽痛、声音嘶哑、咳嗽等，咳嗽可持续较长时间，部分患者可伴有头痛、乏力等全身症状。