自身免疫性甲状腺炎的治疗需根据不同情况来定。一般来说，若甲状腺功能正常，通常定期监测即可，每6~12个月复查甲状腺功能和甲状腺超声。
甲状腺功能减退时的治疗
左甲状腺素钠替代治疗：当自身免疫性甲状腺炎导致甲状腺功能减退，需要服用左甲状腺素钠片来补充甲状腺激素。一般起始剂量需根据患者年龄、体重等因素调整，老年患者起始剂量宜小，调整速度要慢，防止诱发心血管疾病。监测指标：治疗过程中需定期监测血清促甲状腺激素（TSH）水平，根据TSH结果调整左甲状腺素钠的剂量，通常每4~6周调整一次，直到达到合适的替代剂量。
甲状腺肿大明显时的处理
小剂量激素短期应用：如果甲状腺肿大明显且有压迫症状，可考虑短期使用小剂量糖皮质激素，如泼尼松，一般使用2~4周左右，但要注意可能出现的副作用，如血糖升高、骨质疏松等。手术评估：若甲状腺肿大严重影响外观或经药物治疗无法缓解压迫症状，需评估手术治疗，但手术有导致甲状腺功能减退等风险，术后要密切监测甲状腺功能。
合并其他自身免疫性疾病时的注意
协同治疗其他自身免疫病：自身免疫性甲状腺炎可能合并其他自身免疫性疾病，如类风湿关节炎等。此时需要对合并的自身免疫病进行协同管理。比如合并类风湿关节炎时，可能需要根据具体病情加用抗风湿药物，同时要注意不同药物之间的相互作用，定期检查肝肾功能等指标。定期全面检查：要定期进行全面的自身抗体检测以及相关器官功能检查，如合并自身免疫性肝病时，需检查肝功能等，以便及时发现并处理可能出现的其他自身免疫相关问题。