自身免疫性甲状腺炎的治疗需根据不同情况来定。一般来说，若患者甲状腺功能正常，通常不需要特殊药物治疗，但要定期监测甲状腺功能，大约每6-12个月检查一次甲状腺功能及甲状腺超声。
无症状且甲状腺功能正常时的处理
定期监测： 自身免疫性甲状腺炎患者即使没有明显症状且甲状腺功能正常，也需要定期到医院进行甲状腺功能检查，包括血清促甲状腺激素（TSH）、甲状腺过氧化物酶抗体（TPOAb）、甲状腺球蛋白抗体（TgAb）等指标的检测，一般建议每6 - 12个月进行一次。同时，也要关注甲状腺超声的变化，观察甲状腺的形态、大小等情况有无异常。生活方式调整： 保持健康的生活方式很重要，要保证充足的睡眠，每天睡眠建议7 - 8小时左右。适当进行运动，每周可进行至少150分钟的中等强度有氧运动，如快走、慢跑等，也可以结合一些力量训练，但要注意运动强度适中，避免过度劳累。
甲状腺功能减退时的治疗
药物替代治疗： 当自身免疫性甲状腺炎导致甲状腺功能减退时，通常需要使用左甲状腺素钠片进行替代治疗。左甲状腺素钠片可以补充体内缺乏的甲状腺激素，维持甲状腺激素在正常水平。一般需要根据患者的年龄、体重、病情等因素来调整药物剂量，起始剂量通常较小，然后根据甲状腺功能监测结果逐渐调整。监测指标： 在使用左甲状腺素钠片治疗过程中，需要定期监测甲状腺功能，包括TSH、游离甲状腺素（FT4）等指标，以便及时调整药物剂量，一般建议治疗开始后的前3个月每4 - 6周复查一次甲状腺功能，稳定后可每6 - 12个月复查一次。
甲状腺肿大明显时的处理
药物辅助： 如果甲状腺肿大明显且有压迫症状等情况，可能会使用一些药物来辅助缩小甲状腺肿大，比如在医生评估后，可能会短时间使用糖皮质激素等药物，但糖皮质激素使用需要谨慎，因为长期使用可能会有较多副作用。不过这类药物的使用需要严格遵循医嘱，根据患者的具体病情来决定是否使用以及使用的剂量和疗程。手术评估： 当甲状腺肿大非常严重，压迫气管、食管等重要器官，影响呼吸、吞咽等功能，或者怀疑甲状腺肿大有恶变可能时，需要考虑进行手术治疗。但手术治疗是有严格指征的，需要由医生综合评估患者的病情后决定是否进行手术以及手术的时机等。