直肠粘膜脱垂的治疗方法主要包括非手术治疗和手术治疗等。一般来说，轻度的直肠粘膜脱垂可以先尝试非手术治疗，而重度的可能需要手术干预。
非手术治疗
一般治疗：
儿童患者：对于儿童的直肠粘膜脱垂，多数可通过改善排便习惯等自行缓解。比如鼓励儿童多吃富含膳食纤维的食物，像蔬菜、水果等，保持大便通畅，减少排便时的腹压增加。一般建议每天让儿童摄入足够的膳食纤维，保证大便柔软易排出。成人轻度脱垂：成人轻度的直肠粘膜脱垂也可先采取一般治疗。要避免长时间蹲厕，排便时间尽量控制在5分钟以内。同时，可以进行提肛锻炼，每天进行3 - 4次提肛运动，每次持续5 - 10秒，通过锻炼肛门括约肌功能来改善脱垂情况。
药物治疗：
针对局部炎症：如果直肠粘膜脱垂伴有局部炎症，可以使用一些外用药物，如苦参汤等中药坐浴，有清热燥湿、消肿止痛的作用。但药物治疗主要是缓解症状，不能从根本上治愈直肠粘膜脱垂。
手术治疗
经肛门手术：
胶圈套扎术：适用于轻度的直肠粘膜脱垂。通过将特制的胶圈套扎在脱垂的粘膜基底部，使其缺血坏死脱落，从而达到治疗目的。这种手术创伤相对较小，恢复较快。直肠粘膜纵行折叠术：适用于轻度或中度的直肠粘膜脱垂。手术是将直肠粘膜做纵行折叠缝合，减少脱垂。手术过程中要注意操作精细，避免损伤周围组织。
经腹手术：
直肠悬吊固定术：对于重度的直肠粘膜脱垂，经腹手术中的直肠悬吊固定术是一种有效的方法。通过将直肠固定在周围组织上，防止脱垂。但该手术相对复杂，对医生的技术要求较高，术后需要注意护理，防止感染等并发症。