直肠粘膜内脱垂的治疗方法需根据病情严重程度等因素选择，一般轻度的直肠粘膜内脱垂可先尝试非手术治疗，中重度可能需要手术治疗。
非手术治疗方法
一般治疗：
饮食调整： 要多吃富含膳食纤维的食物，像全麦面包、新鲜蔬菜（如芹菜、菠菜等）和水果（如香蕉、苹果等），每天保证摄入足够的膳食纤维能保持大便通畅，一般建议每天膳食纤维摄入量在25~35克左右。避免吃辛辣、油腻等刺激性食物，这类食物容易加重便秘，进而加重直肠粘膜内脱垂的症状。排便习惯培养： 养成良好的排便习惯，每天定时排便，尽量避免长时间蹲厕所，一般排便时间控制在5分钟以内比较合适。不要在厕所里看手机、看书等分散注意力的行为，防止蹲厕时间过长增加腹压，加重直肠粘膜内脱垂。
药物治疗：
中药调理： 一些中药方剂对直肠粘膜内脱垂有一定的辅助治疗作用，比如补中益气汤加减等，中药可以起到补气升提的作用，但需要在中医的辨证论治下使用，根据患者的具体情况进行配方用药。局部用药： 可以使用一些栓剂，如痔疮栓等，局部使用栓剂能在一定程度上减轻直肠粘膜的充血、水肿等症状，缓解不适，但这只是辅助治疗手段，并不能从根本上解决直肠粘膜内脱垂的问题。
手术治疗方法
经肛门手术：
直肠粘膜结扎术： 适用于轻度的直肠粘膜内脱垂患者。通过将脱垂的直肠粘膜进行结扎，使脱垂的粘膜坏死、脱落，然后重新粘连固定，从而达到治疗的目的。这种手术创伤相对较小，术后恢复相对较快。PPH手术（吻合器痔上黏膜环切术）： 对于中度的直肠粘膜内脱垂也有较好的疗效。它是利用吻合器环形切除直肠下端的部分粘膜和粘膜下组织，同时进行吻合，使脱垂的粘膜上提，恢复正常的解剖位置。手术时间相对较短，术后疼痛等不适症状相对较轻。
经腹手术：
直肠固定术： 适用于病情较重、非手术治疗无效的患者。通过开腹将直肠固定在周围的组织上，加强直肠的支持结构，防止直肠再次脱垂。这种手术相对创伤较大，术后恢复时间较长，但能从根本上解决直肠脱垂的问题。