直肠粘膜内脱垂的治疗需根据病情严重程度等因素综合选择，一般来说，轻度的直肠粘膜内脱垂可以通过非手术治疗改善，而中重度可能需要手术治疗。
非手术治疗方法
一般保守治疗：
饮食调整： 要多吃富含膳食纤维的食物，像蔬菜（菠菜、芹菜等）、水果（香蕉、苹果等），每天保证摄入足够的膳食纤维能促进肠道蠕动，一般建议每天膳食纤维摄入量在25~35克左右，有助于缓解便秘，减轻直肠粘膜内脱垂的症状。排便习惯养成： 要养成良好的排便习惯，避免长时间蹲厕，尽量控制排便时间在5分钟以内，不要在排便时看书、玩手机等分散注意力，这样可以减少对直肠的压力。
药物辅助治疗：
中药治疗： 一些中药方剂可能对直肠粘膜内脱垂有一定作用，比如补中益气汤加减等，具有补气升提的作用，但需要在中医师的辨证论治下使用。不过中药治疗起效相对较慢，一般需要连续服用一段时间，可能需要几周甚至几个月的时间来观察效果。局部用药： 可以使用一些栓剂等局部药物，起到收敛、保护直肠粘膜的作用，但局部用药效果相对有限，往往需要配合其他治疗方法一起使用。
手术治疗方式
经肛门手术：
胶圈套扎术： 适用于轻度的直肠粘膜内脱垂，通过将胶圈套扎在脱垂的粘膜处，使其缺血坏死、脱落，从而达到治疗目的。这种手术操作相对简单，创伤较小，术后恢复较快，一般术后1~2周即可基本恢复正常生活，但有一定的复发可能，复发率大概在5%~10%左右。直肠粘膜环切术： 对于中度的直肠粘膜内脱垂有一定疗效，通过切除部分脱垂的直肠粘膜，然后进行吻合，纠正脱垂情况。该手术需要一定的手术技巧，术后需要注意观察有无出血、感染等并发症，一般术后住院时间在5~7天左右。
经腹手术：
直肠固定术： 主要针对中重度的直肠粘膜内脱垂，通过将直肠固定在周围组织上，防止其脱垂。这种手术相对复杂，创伤较大，术后恢复时间较长，一般需要住院10~14天左右，术后需要严格按照医生要求进行康复护理，复发率相对胶圈套扎术等较低，但手术风险也相对较高，可能出现出血、感染、肠粘连等并发症。