治疗结肠炎并没有绝对最有效的药物，需根据具体类型和病情等因素选择。一般来说，氨基水杨酸制剂是常用的一类药物，像柳氮磺吡啶，对于轻中度溃疡性结肠炎有一定疗效，约60% - 70%的轻中度患者使用后症状能得到改善。
氨基水杨酸制剂类
5-氨基水杨酸制剂：这类药物可以作用于肠道局部，抑制炎症反应。比如美沙拉嗪，有口服制剂也有栓剂、灌肠剂等。口服美沙拉嗪适用于结肠型的结肠炎，而美沙拉嗪栓剂适合直肠炎患者，灌肠剂则针对左半结肠炎等情况，能直接作用于病变部位，减轻炎症。
糖皮质激素
适用于重度结肠炎：当结肠炎病情较重，如重度溃疡性结肠炎时，糖皮质激素常被使用。像泼尼松、氢化可的松等。泼尼松一般初始剂量为每日40 - 60毫克，能快速减轻炎症反应，但长期使用可能会有副作用，比如导致骨质疏松、免疫力下降等，所以需要在医生严密监测下使用。
免疫抑制剂
用于慢性结肠炎：对于一些慢性反复发作的结肠炎，免疫抑制剂可能会被用到。例如硫唑嘌呤，它可以抑制免疫系统的过度反应，一般需要连续服用数月才能见到效果，且使用过程中要定期监测血常规、肝功能等指标，因为可能会引起白细胞减少、肝功能损害等不良反应。而且儿童使用免疫抑制剂需要格外谨慎，要评估风险收益比后再决定是否使用。
生物制剂
针对难治性结肠炎：在一些难治性的结肠炎患者中，生物制剂也开始应用。比如英夫利西单抗，它是一种抗肿瘤坏死因子的生物制剂，对于重度的、对传统治疗无效的溃疡性结肠炎等有较好的疗效，但使用前需要进行严格的筛查，排除感染等禁忌证，并且费用相对较高，使用过程中要密切观察是否出现感染等不良反应。