治结肠炎较有效的药物有氨基水杨酸制剂、糖皮质激素、免疫抑制剂等。比如氨基水杨酸制剂中的美沙拉嗪，常用于轻中度溃疡性结肠炎的治疗，能在肠道局部发挥作用，抗炎效果较好。
氨基水杨酸制剂类药物
柳氮磺吡啶： 是常用的氨基水杨酸制剂，适用于轻中度结肠炎患者。它在肠道内分解为磺胺吡啶和5-氨基水杨酸，5-氨基水杨酸可抑制炎症介质的产生。不过，部分患者可能会出现恶心、呕吐等胃肠道不适。美沙拉嗪： 有多种剂型，如缓释片、灌肠剂等。对于左半结肠型结肠炎，灌肠剂局部作用强；缓释片则可全身作用，能有效缓解结肠炎的腹痛、腹泻等症状，不良反应相对较少，但个别患者可能出现头痛、头晕等情况。
糖皮质激素类药物
泼尼松： 属于全身性应用的糖皮质激素，对于氨基水杨酸制剂疗效不佳的中重度结肠炎患者适用。它能快速减轻炎症反应，但长期使用可能会引起向心性肥胖、骨质疏松等不良反应，一般连续使用不宜超过数周。布地奈德： 是局部作用较强的糖皮质激素，主要用于左半结肠和直肠部位的结肠炎。局部用药时全身不良反应相对较少，但也可能出现轻度的胃肠道不适等情况。
免疫抑制剂类药物
硫唑嘌呤： 适用于对糖皮质激素治疗效果不佳或依赖的结肠炎患者，以及部分重度结肠炎患者。它通过抑制免疫反应发挥作用，但起效较慢，一般需要数月才能看到明显效果。使用过程中需定期监测血常规、肝功能等指标，部分患者可能出现白细胞减少、肝功能损害等不良反应。巯嘌呤： 与硫唑嘌呤作用机制相似，可用于结肠炎的治疗。同样需要密切监测血常规和肝功能等，不良反应包括骨髓抑制、肝损害等。
生物制剂类药物
英夫利西单抗： 对于重度难治性结肠炎有较好的疗效，是一种靶向肿瘤坏死因子 - α的生物制剂。通常需要静脉输注，使用前需要进行结核等感染筛查，可能出现输液反应、感染等不良反应。