肛周脓肿主要是由肛腺感染引起的，大约90%的肛周脓肿是因肛腺阻塞感染导致。
肛腺感染引发
肛腺位置特点： 肛腺位于肛管直肠周围，开口于肛窦，而肛窦容易积存粪便，一旦粪便堵塞肛窦，就会导致肛腺感染。比如，经常便秘的人，粪便干结容易划伤肛窦，进而引发肛腺感染，感染扩散就可能形成肛周脓肿。感染蔓延途径： 肛腺感染后，炎症会沿着肛管直肠周围的间隙蔓延。因为这些间隙内的脂肪组织比较多，炎症容易在其中扩散，从而形成不同部位的肛周脓肿，像坐骨直肠窝脓肿、骨盆直肠窝脓肿等都可能由此而来。
身体免疫力低下所致
免疫力下降诱因： 当人体免疫力低下时，比如长期患有糖尿病且血糖控制不佳的人，身体抵抗细菌感染的能力减弱，就更容易受到细菌的侵袭。据统计，糖尿病患者发生肛周脓肿的概率比正常人要高不少。另外，长期使用免疫抑制剂的人，像器官移植后需要服用免疫抑制剂来防止排异反应的患者，他们的免疫系统处于被抑制状态，也容易引发肛周脓肿。感染易感性： 免疫力低下的人群，即使是轻微的肛腺感染，也更难依靠自身免疫力来清除病菌，感染就容易进一步发展成肛周脓肿。例如，一些年老体弱的人，本身免疫力较差，一旦肛窦受到感染，就很可能引发肛周脓肿。
肛周局部损伤引发
外伤因素： 肛门部位受到外伤，比如异物损伤、肛门直肠手术操作不当等，都可能导致肛门周围组织受损，从而使细菌容易侵入。比如，做肛门直肠手术时，如果手术操作不精细，损伤了肛门周围的组织，就为细菌感染创造了条件，进而引发肛周脓肿。另外，肛门部位受到外力撞击等外伤，也可能引起局部组织损伤，导致感染发生。医源性损伤： 在一些医疗操作中，也可能造成肛周局部损伤引发脓肿。比如，肠镜检查时，如果操作过于粗暴，可能会损伤肛管直肠黏膜，使得细菌侵入引发感染，最终形成肛周脓肿。还有肛瘘手术过程中，如果处理不当，也可能导致肛周脓肿的发生。