肛周脓肿主要是肛腺感染引起的。肛腺就像一个小腺体，位于肛门瓣和肛窦附近，当肛窦受到损伤，比如腹泻时粪便刺激肛窦，就容易引发肛腺感染，感染进一步蔓延，就可能形成肛周脓肿。据统计，肛周脓肿的发生与肛腺感染关系密切。
肛窦损伤相关因素
粪便刺激： 长期腹泻或者便秘的人，粪便容易刺激肛窦。比如，每天腹泻次数超过3次，持续1周以上，就更容易让肛窦受损，进而引发肛腺感染。便秘时干结的粪便通过肛门，也会擦伤肛窦，为细菌入侵创造条件。局部卫生问题： 不注意肛门局部清洁，细菌容易在肛窦处滋生。像有些人群很少清洗肛门周围，就会增加肛窦感染的风险。
身体免疫力因素
免疫力低下人群： 糖尿病患者由于血糖控制不佳，身体免疫力相对较低，更容易发生肛周脓肿。研究发现，糖尿病患者发生肛周脓肿的概率比正常人高2 - 3倍。还有长期使用免疫抑制剂的人，比如器官移植后服用免疫抑制剂的患者，免疫力受抑制，也容易患上肛周脓肿。儿童群体： 儿童的免疫系统还在发育阶段，相对脆弱，也是肛周脓肿的高发人群。儿童如果经常出现肠道感染等情况，就可能因为免疫力相对较弱而引发肛周脓肿。
其他感染蔓延因素
肛管直肠周围组织感染蔓延： 肛管直肠周围的其他组织感染，比如肠炎、肛乳头炎等，炎症可能蔓延到肛腺，从而引发肛周脓肿。例如，患有严重肠炎的患者，肠道内的细菌容易扩散到肛腺区域，导致肛腺感染并发展为肛周脓肿。血液传播感染： 虽然比较少见，但身体其他部位的感染通过血液传播到肛周区域，也可能引起肛周脓肿。比如，身体某部位有疖肿，其细菌通过血液流到肛周，就有可能在肛周引发感染形成脓肿。