有的新生儿黄疸高主要与胆红素代谢特点有关。新生儿出生后，体内胆红素产生相对较多，约为成人的2倍，且肝脏处理胆红素的能力不足，肝细胞内尿苷二磷酸葡萄糖醛酸转移酶（UDPGT）活性低，约在出生后1周左右才逐渐增加，这就容易导致胆红素堆积，引发黄疸高。
胆红素生成过多方面
红细胞寿命短： 新生儿的红细胞寿命相对较短，一般为70~90天，而成人红细胞寿命约120天，所以新生儿红细胞破坏快，产生胆红素多。比如正常成人红细胞寿命长，胆红素生成相对稳定，新生儿则因为红细胞寿命短，胆红素生成量明显增多。血红素加氧酶含量高： 新生儿体内血红素加氧酶含量高，使血红素分解为胆红素的过程活跃，进而生成较多胆红素。
肝脏处理胆红素能力不足方面
摄取胆红素能力弱： 新生儿肝脏摄取胆红素的Y、Z蛋白含量低，出生后1周内才达到成人水平，所以摄取胆红素的能力较弱，导致胆红素在体内堆积。结合胆红素能力差： 前面提到的UDPGT活性低，使得新生儿肝脏结合胆红素的能力差，不能及时将未结合胆红素转化为结合胆红素排出体外，从而使得血液中未结合胆红素增多，引发黄疸高。
肠肝循环特点方面
新生儿肠道内正常菌群尚未完全建立，肠道内的β-葡萄糖醛酸苷酶活性较高，可将结合胆红素水解成未结合胆红素，又重新被肠道吸收进入肝肠循环，使得血中的胆红素增加，加重黄疸。比如正常菌群建立良好的成人，肠肝循环产生的胆红素相对较少，而新生儿肠肝循环的这种特点容易导致胆红素反复吸收，使黄疸情况加重。