新生儿黄疸高主要是因为胆红素代谢特点导致的。新生儿出生后，胆红素生成相对较多，而肝脏对胆红素的摄取、结合和排泄功能不成熟，约60%足月儿和80%早产儿在生后2-3天会出现生理性黄疸，足月儿一般2周内消退，早产儿可延迟到3-4周消退。
胆红素生成过多方面
红细胞破坏多： 新生儿红细胞寿命相对短，一般为70-90天，比成人短很多，所以红细胞破坏快，产生胆红素多。比如正常成人红细胞寿命约120天，新生儿红细胞更新速度快，破坏后释放出大量胆红素。血红素加氧酶含量高： 新生儿体内血红素加氧酶在生后1-7天活性高，使血红素转化为胆红素的量增多。
肝脏处理胆红素能力不足方面
摄取胆红素能力弱： 新生儿肝脏内Y、Z蛋白含量低，生后5-10天才达到成人水平，所以摄取胆红素的能力有限。例如，正常成人肝脏中Y、Z蛋白能很好地摄取胆红素进行后续代谢，而新生儿这方面功能不完善。结合胆红素能力差： 新生儿肝脏内尿苷二磷酸葡萄糖醛酸基转移酶（UDPGT）含量低且活性不足，不能有效地将未结合胆红素转化为结合胆红素。这种酶要到生后1周左右才逐渐成熟，所以结合胆红素的能力较差。
肠肝循环特点方面
肠道菌群未完全建立： 新生儿肠道内正常菌群尚未完全建立，导致肠道内的葡萄糖醛酸苷酶活性较高，这种酶能将结合胆红素水解成未结合胆红素，又重新被肠道吸收进入肝肠循环，使得血中的胆红素增加。比如正常成人肠道内有正常菌群，能维持正常的肠肝循环平衡，而新生儿肠道菌群处于建立过程中，容易出现这种肠肝循环的异常。胎便排出延迟： 胎便中含有较多的胆红素，如果胎便排出延迟，就会使胆红素重吸收增加。一般足月儿胎便在生后2-3天排完，早产儿可能稍晚，但如果超过正常时间排出延迟，就会影响胆红素的代谢。