新生儿黄疸高主要是因为胆红素代谢特点导致的。新生儿出生后，体内胆红素产生相对较多，而肝脏对胆红素的代谢能力还不完善，约60%足月儿和80%早产儿在生后2-3天会出现生理性黄疸，足月儿一般2周内消退，早产儿可能持续到3-4周。
胆红素生成过多方面
红细胞破坏多： 新生儿红细胞寿命相对较短，约70-90天，比成人短很多，所以红细胞破坏快，产生胆红素就多。比如正常成人红细胞寿命约120天，新生儿红细胞更新快，分解产生的胆红素相应增加。血红素加氧酶含量高： 新生儿体内血红素加氧酶含量比成人高，这种酶能促进血红素转化为胆红素，使得胆红素生成增加。
肝脏处理胆红素能力不足方面
肝细胞摄取胆红素能力差： 新生儿肝脏内Y、Z蛋白含量低，这两种蛋白是负责摄取胆红素的，所以摄取胆红素的能力较弱，导致胆红素在体内堆积。一般出生后5-10天才逐渐达到成人水平。肝细胞结合胆红素能力不足： 肝细胞内尿苷二磷酸葡萄糖醛酸基转移酶（UDPGT）活性低且含量不足，该酶是将未结合胆红素转化为结合胆红素的关键酶，所以结合胆红素的能力有限，使得未结合胆红素不能及时转化排出。这种酶活性要到生后1周左右才逐渐增加。
肠肝循环特点方面
肠道菌群未完全建立： 新生儿肠道内正常菌群还没完全建立起来，肠道内的β-葡萄糖醛酸苷酶活性较高，这种酶会将结合胆红素又水解成未结合胆红素，使得未结合胆红素又被肠道重吸收，增加了肠肝循环，导致血中胆红素水平升高。一般要等到肠道菌群建立完善后，这种情况才会改善。胎便排出延迟： 如果新生儿胎便排出延迟，也会导致肠道内胆红素重吸收增加，进而使得黄疸加重。正常足月儿胎便在生后2-3天排完，早产儿可能稍晚，但一般也会在1周内排完。