肠化生通常没有明显特异性症状，部分人可能有上腹部不适，约半数以上患者会有隐痛、胀满等表现，少数人会有反酸、嗳气、恶心等消化不良症状。
消化道不适表现
上腹部隐痛： 约有半数以上肠化生患者会出现上腹部隐痛情况，疼痛程度一般较轻，没有明显规律性，可能在进食后或空腹时都有可能发生。比如有些患者感觉上腹部隐隐作痛，持续时间不定，可能几分钟到几十分钟不等。胀满感： 患者会觉得上腹部有饱胀感，尤其是在进食少量食物后，这种胀满感就比较明显，好像肚子里有气排不出去一样。比如吃了几口饭就感觉肚子很胀，影响食欲。
消化不良相关症状
反酸： 部分肠化生患者会出现反酸现象，就是胃内的酸性内容物反流到食管甚至口腔，感觉口腔里有酸味。例如有的患者会突然感觉嘴里酸酸的，有时还会伴有烧心感。嗳气： 患者会频繁打饱嗝，气体从胃内往上逆出。可能是因为胃的消化功能受到影响，导致气体积聚在胃内，然后通过嗳气排出。比如一天可能会打十几次嗳气。恶心： 少数患者会有恶心的感觉，有时候可能会因为闻到某些气味、看到不喜欢的食物或者胃部不适而引发恶心，严重时可能会伴有呕吐，但这种情况相对较少见。
其他不典型表现
食欲减退： 由于胃部不适，肠化生患者可能会出现食欲减退的情况，不想吃东西，对平时喜欢的食物也提不起兴趣。比如原本一顿能吃一碗饭，现在可能只吃半碗甚至更少。体重变化： 如果长期食欲减退，营养摄入不足，部分患者可能会出现体重下降的情况。但体重变化个体差异较大，有的患者可能在几个月内体重慢慢减轻几斤。不过也有部分患者因为胃肠道功能紊乱，可能会有体重波动不太明显的情况。