面肌痉挛主要是由于面神经根部受到血管压迫引起的，约80%-90%的面肌痉挛是由面神经出脑干区受到动脉血管压迫导致。另外，极少数是因为面神经根部存在占位性病变，像胆脂瘤、脑膜瘤等压迫面神经引发。还有一种情况是经过面神经减压手术后复发的患者，也可能存在血管再压迫等情况。
血管压迫因素
动脉压迫常见：主要是小脑上动脉及其分支，还有小脑前下动脉等压迫面神经根部。这些动脉随着年龄增长会发生生理性迂曲、硬化，对面神经根部的压迫就会逐渐加重，从而引发面肌痉挛。一般在中年以后发病的面肌痉挛患者中，这种血管压迫的情况较为多见。静脉压迫相对少见：偶尔也有静脉压迫面神经根部导致面肌痉挛的情况，但相比动脉压迫，比例要低很多。
占位性病变因素
胆脂瘤引起：胆脂瘤是一种起源于胚胎时期残留的外胚层细胞的肿瘤，它会缓慢生长，压迫面神经，进而导致面肌痉挛。这类患者除了面肌痉挛症状外，可能还会有听力下降、耳鸣等表现。脑膜瘤引起：脑膜瘤是颅内常见的肿瘤之一，当它长在面神经附近并压迫面神经时，也会引发面肌痉挛。患者可能还会出现头痛、视力障碍等症状。
医源性因素
面神经减压术后复发：曾经做过面神经减压手术的患者，有一小部分会出现复发的面肌痉挛，这可能是因为手术中血管再次压迫面神经，或者是手术区域出现粘连等情况导致面神经受到刺激，从而引发面肌痉挛。一般在术后数年甚至更长时间可能会复发。