口腔溃疡的引发原因较多，比如约20%的人群受遗传因素影响易长口腔溃疡，父母双方都有复发性口腔溃疡史的人，子女患病率可高达60%~70%。
一、局部创伤因素
口腔内机械损伤： 刷牙时用力过猛、不小心咬到口腔黏膜、使用过硬的牙刷或假牙不合适等，都可能造成口腔局部创伤，从而引发口腔溃疡。比如经常用硬毛牙刷刷牙的人，就比用软毛牙刷的人更易因机械损伤导致口腔溃疡。牙齿锐利边缘刺激： 牙齿的锐利边缘、残根、残冠等长期刺激口腔黏膜，也会引发口腔溃疡。有这种情况的人，口腔内相应部位会反复出现溃疡。
二、营养缺乏因素
维生素缺乏： 当人体缺乏维生素B1、B2、B6、B12以及叶酸、铁、锌等营养素时，容易出现口腔溃疡。比如长期挑食、节食的人，就容易因为维生素和微量元素摄入不足引发口腔溃疡，有研究发现，维生素B2缺乏时，口角、唇、舌和口腔黏膜易发生炎症。营养不良： 长期营养不良，身体抵抗力下降，也会增加口腔溃疡的发生几率。一些贫困地区或长期饮食不均衡的人群，就较易受此影响。
三、免疫系统因素
自身免疫反应异常： 当人体免疫系统出现异常时，会攻击自身的口腔黏膜组织，从而引发口腔溃疡。比如患有自身免疫性疾病，如白塞病等，患者往往会反复出现口腔溃疡，同时还可能伴有眼部、生殖器等部位的病变。免疫功能低下： 如患有艾滋病、肿瘤等疾病，或长期使用免疫抑制剂的人，免疫功能低下，容易受到病原体侵袭，也容易发生口腔溃疡。例如艾滋病患者由于免疫功能严重受损，口腔溃疡的发生率就会明显增高。