月经来了腰疼可能由多种原因引起，其中一种常见情况是前列腺素作用。月经期间，子宫内膜会合成并释放较多前列腺素，前列腺素增多可引起子宫平滑肌过强收缩、血管痉挛，造成子宫缺血、缺氧状态，从而出现腰疼，这种情况在约30% - 40%的女性中会出现。
激素变化影响
女性月经期间，体内激素水平会发生变化。雌激素和孕激素的波动可能会影响盆腔的充血情况以及腰部周围组织的敏感性。比如，激素变化可能导致腰部的韧带、肌肉等组织出现水肿，进而引发腰疼。一般在月经开始后的1 - 2天，激素波动相对明显，腰疼可能会比较突出。
子宫位置异常因素
有些女性子宫位置过度前倾前屈或后倾后屈，在月经期间，子宫收缩时可能会对周围组织产生牵拉，从而引起腰疼。例如，后倾后屈的子宫，在月经时子宫收缩要将经血排出，就会牵拉到后方的组织，导致腰部疼痛。这种情况在有先天性子宫位置异常的女性中相对更易发生。
疾病相关因素
一些妇科疾病也可能导致月经时腰疼。比如子宫内膜异位症，子宫内膜组织出现在子宫体以外的部位，在月经期间这些异位的内膜组织也会出血，刺激周围组织，引起腰疼，而且这种腰疼可能会逐渐加重。还有盆腔炎，月经期间盆腔本来就处于充血状态，若本身有盆腔炎，炎症刺激会使腰疼症状更明显。另外，腰部本身的疾病也可能在月经期间诱发或加重腰疼。比如腰肌劳损，女性在月经期间身体抵抗力相对较低，腰部肌肉的劳损情况可能会更易表现出来，导致腰疼。还有腰椎间盘突出症，在月经期间由于激素等因素的影响，腰部肌肉的紧张度改变，可能会使原本的腰椎间盘突出症症状加重，出现腰疼。