腔隙性脑梗塞常用的药物有抗血小板聚集药物，比如阿司匹林，它可以抑制血小板的聚集，降低血栓形成的风险，一般建议没有禁忌证的患者长期服用；还有氯吡格雷，对于不能耐受阿司匹林的患者可以选用。
改善脑循环的药物
丁苯酞： 可以改善脑缺血区的微循环和血流量，促进神经功能恢复。一般通过口服给药，能在一定程度上改善腔隙性脑梗塞患者的症状。长春西汀： 能抑制磷酸二酯酶活性，增加血管平滑肌松弛的信使c-GMP的作用，扩张脑血管，改善脑血液循环及脑代谢。可静脉滴注或口服给药。
控制基础疾病的药物
控制高血压的药物： 如果患者有高血压，需要服用降压药来控制血压，将血压控制在合适范围，比如常用的有氨氯地平，它是一种钙通道阻滞剂，能通过松弛血管平滑肌来降低血压；还有依那普利，属于血管紧张素转换酶抑制剂，也能有效降低血压，一般需要长期规律服用降压药来维持血压稳定，使血压保持在140/90mmHg以下，对于有腔隙性脑梗塞的患者可能需要更低的目标值，如130/80mmHg左右，但具体要根据患者情况由医生调整。控制糖尿病的药物： 若患者合并糖尿病，需使用降糖药来控制血糖，像二甲双胍，适用于2型糖尿病患者，可减少肝糖输出等；还有胰岛素，如果口服降糖药效果不佳或病情需要，可能需要注射胰岛素来将血糖控制在合理范围，一般空腹血糖控制在7mmol/L左右，餐后血糖控制在10mmol/L左右为宜，良好的血糖控制有助于减少腔隙性脑梗塞的复发风险。
调脂稳定斑块的药物
他汀类药物： 如阿托伐他汀，它可以降低血脂中的低密度脂蛋白胆固醇（LDL - C），同时还有稳定斑块的作用，能防止斑块破裂导致血栓形成。一般建议患者长期服用，使LDL - C水平降至1.8mmol/L以下，对于有腔隙性脑梗塞的患者属于高危人群，更需要严格控制血脂，稳定动脉粥样硬化斑块，减少腔隙性脑梗塞复发的可能性。