腔隙性脑梗塞的治疗药物需根据具体情况选择，一般常用的有抗血小板聚集药物，比如阿司匹林，它可以抑制血小板的聚集，降低血栓形成的风险，有研究显示长期服用阿司匹林可以使腔隙性脑梗塞复发风险降低一定比例；还有氯吡格雷，也是常用的抗血小板药物。
抗血小板聚集药物
阿司匹林： 通过抑制环氧化酶，减少血栓素A2的生成，从而起到抗血小板聚集作用。一般适用于大多数腔隙性脑梗塞患者，但有胃肠道出血等病史的患者需谨慎使用。氯吡格雷： 作用机制是选择性地抑制二磷酸腺苷（ADP）与血小板受体的结合及继发的ADP介导的糖蛋白GPⅡb/Ⅲa复合物的活化，进而抑制血小板聚集。对于不能耐受阿司匹林的患者可考虑使用。
改善脑循环药物
丁苯酞： 可以改善脑缺血区的微循环和血流量，促进受损神经功能的恢复。它能通过多种途径保护神经元，对腔隙性脑梗塞患者的神经功能缺损有一定的改善作用。银杏叶制剂： 具有活血化瘀、改善脑循环的作用，可增加脑血流量，降低脑血管阻力，改善血液流变学等。比如银杏叶片等制剂，能在一定程度上改善患者的脑循环状态。
控制基础疾病药物
控制高血压药物： 如果患者有高血压，需要使用降压药物将血压控制在合适范围，比如氨氯地平，它是一种钙通道阻滞剂，能有效降低血压，一般每天服用一次即可，可平稳降压，对于伴有高血压的腔隙性脑梗塞患者，将血压控制在140/90mmHg以下（能耐受的情况下可进一步降低）有助于减少脑梗塞复发风险。控制糖尿病药物： 对于合并糖尿病的腔隙性脑梗塞患者，需使用降糖药物控制血糖，如二甲双胍，它可以减少肝糖原的输出，改善外周组织对胰岛素的敏感性，一般适用于2型糖尿病患者，尤其是肥胖的2型糖尿病患者，可帮助将血糖控制在合理范围，有利于脑梗塞病情的控制。