男性衣原体感染后，部分人可能没有明显症状，而有症状的男性通常会出现尿道不适等情况。比如约有50%的男性衣原体感染患者会有尿道刺痒、灼痛等症状，少数人还会有尿频、尿急等表现。
尿道局部症状表现
尿道刺痒： 患者会感觉尿道内有轻微的瘙痒感，这种瘙痒感可能会持续存在，时轻时重。一般在排尿前后或者长时间不排尿后比较明显。尿道灼痛： 在排尿过程中，尿道会有烧灼样的疼痛，疼痛程度因人而异，有的较轻，有的可能比较明显，尤其在尿液浓缩时，灼痛可能会更明显。
伴随症状情况
尿道口分泌物： 部分患者会出现尿道口有少量稀薄的分泌物，颜色多为透明或者微白。在晨起时，可能会发现尿道口有少量分泌物结痂，封住尿道口，也就是所谓的“糊口”现象。一般分泌物量不是很多，但如果不注意个人卫生，可能会导致分泌物增多。并发附睾炎： 男性衣原体感染有可能并发附睾炎，此时会出现阴囊部位的疼痛、肿胀，疼痛可放射至下腹部和腹股沟区域，用手触摸阴囊时能感觉到附睾肿大、有压痛。如果病情迁延不愈，可能会影响生育功能等。
症状出现时间
男性衣原体感染的症状出现时间一般在感染后1 - 3周左右。但也有一些人感染后症状出现比较隐匿，可能在感染后数周甚至数月才逐渐表现出症状，这就容易导致病情被忽视，延误治疗。所以如果有过高危性行为等情况，且出现上述尿道不适等相关表现时，应及时就医检查，以便早期发现并治疗衣原体感染。