男性感染衣原体后，常见的症状有尿道刺痒，大约有50%的患者会出现这种情况。通常在感染后1-3周左右发病。
尿道分泌物情况
分泌物性状：男性感染衣原体后，尿道可能会分泌出少量稀薄的黏液性分泌物。这种分泌物一般比较清亮，量相对不多。分泌时间：有的患者在晨起时会发现尿道口有少量分泌物，形成结痂封住尿道口，也就是所谓的“糊口”现象。
排尿相关症状
尿频：患者可能会出现尿频的症状，即排尿次数明显增多。一般来说，比正常情况下排尿次数增加，可能每小时会有几次排尿。尿急：同时还可能伴有尿急，就是突然有强烈的排尿欲望，很难控制。而且在排尿时可能会有尿道灼热感，感觉排尿时尿道有发热的感觉。
其他可能症状
附睾炎：部分男性衣原体感染可能会引发附睾炎，表现为阴囊部位的疼痛、肿胀，疼痛可能会放射到下腹部和腹股沟区域。用手触摸阴囊时能感觉到附睾肿大、触痛明显。前列腺炎：少数患者还可能出现前列腺炎相关症状，比如会阴部坠胀不适，有的患者会感觉下腹部、会阴部有隐隐的胀痛感，并且可能伴有不同程度的排尿不适等情况。