男人衣原体感染后，男性尿道炎是常见表现之一，通常在感染后1-3周左右出现症状，主要表现为尿道刺痒、刺痛或烧灼感，伴有不同程度的尿频、尿急，尿道口可能有轻度红肿，分泌物稀薄，量少，呈浆液性或脓性。
泌尿生殖系统症状表现
尿道炎症状： 除了上述尿道刺痒等表现外，病情较重时可能出现尿道分泌物增多，晨起时尿道口可被分泌物封住，形成“糊口”现象。附睾炎症状： 部分男性衣原体感染可能累及附睾，表现为附睾肿大、疼痛，触摸时有明显痛感，可伴有阴囊坠胀感。
其他可能症状
直肠感染症状： 男性若有直肠衣原体感染，可能出现直肠部位的不适，如直肠疼痛、瘙痒，还可能有直肠分泌物增多等情况，但相对较少见。眼结膜感染相关： 少数情况下，衣原体感染可能通过手-眼接触等途径引起眼结膜感染，出现眼睛发红、疼痛、有异物感、分泌物增多等类似结膜炎的表现，但这不是男性衣原体感染的主要表现。
症状与其他疾病的区别
与淋病的区别： 淋病引起的尿道炎分泌物通常量较多，多为脓性，而衣原体感染的分泌物相对较稀薄。淋病发病往往更急，症状可能更剧烈，而衣原体感染症状相对较缓，病程可能更长些。与非淋菌性尿道炎其他病因的区别： 非淋菌性尿道炎还可能由支原体等其他病原体引起，衣原体感染有其特定的病原学特点，通过实验室检查可以明确区分，比如衣原体特异性的核酸检测等方法能准确判断是否为衣原体感染。