肾结石形成的主要原因与多种因素相关，其中尿液中某些物质浓度过高是关键。比如尿液中钙、草酸、尿酸等成分浓度异常升高，就容易形成肾结石。有数据显示，大约90%的肾结石含有钙。
代谢异常导致
尿液成分异常：当尿液中钙、草酸、尿酸、胱氨酸等物质排出量过多时，就容易在肾脏内形成结晶，进而发展为肾结石。例如，尿钙排泄增多，就会使尿液中钙的浓度升高，增加形成含钙肾结石的风险。尿酸代谢紊乱：体内尿酸产生过多或尿酸排泄减少，会导致血尿酸升高，尿酸随尿液排出时，若尿液pH值偏低，尿酸易形成结晶，引发尿酸结石。
饮食因素影响
高草酸食物摄入：像菠菜、苋菜、巧克力、坚果等食物中草酸含量较高，如果长期大量食用，会使体内草酸摄入过多，经过代谢后，尿液中草酸浓度升高，容易与钙结合形成草酸钙结石。比如，每天大量吃菠菜，就可能增加肾结石风险。高嘌呤食物摄入：动物内脏、海鲜、浓汤等属于高嘌呤食物，嘌呤代谢后会产生尿酸，长期大量食用高嘌呤食物会使尿酸生成增多，增加尿酸结石形成的几率。
泌尿系统因素
尿路梗阻：如果存在输尿管狭窄、前列腺增生等情况，会导致尿液排出受阻，尿液中的结晶就容易在局部沉积，进而形成肾结石。比如，前列腺增生患者因排尿不畅，尿液滞留，容易引发结石。尿路感染：某些细菌感染会改变尿液的成分和酸碱度，为结石的形成创造条件。例如，变形杆菌等细菌能分解尿素，使尿液碱化，促使磷酸镁铵等结晶析出，形成感染性结石。