打乙脑疫苗后发烧39℃，可能是以下原因引起：
1.疫苗不良反应：乙脑疫苗是一种生物制品，接种后可能会引起发热等不良反应。通常这种发热会在接种后1-2天内出现，体温多在38.5℃以下，持续1-2天后可自行缓解，不需要特殊处理。如果体温超过38.5℃，或发热持续时间超过3天，或伴有其他不适症状，如咳嗽、呕吐、腹泻等，应及时就医。
2.感染：接种乙脑疫苗后，人体的免疫力可能会暂时下降，此时如果接触到病原体，容易发生感染，如感冒、肺炎等，也会引起发热。如果有感染的症状，如咳嗽、流涕、咽痛等，应及时就医，进行相关检查和治疗。
3.其他：接种乙脑疫苗后，还可能出现一些罕见的不良反应，如过敏性休克、热性惊厥等，这些情况虽然比较罕见，但也需要引起重视。如果出现这些症状，应立即就医，进行急救处理。
应对方法：
1.物理降温：如果体温在38.5℃以下，可以采用物理降温的方法，如多喝水、温水擦浴、冷敷等。
2.药物治疗：如果体温超过38.5℃，或物理降温效果不佳，可以使用退烧药，如布洛芬、对乙酰氨基酚等。但需要注意，退烧药只能缓解症状，不能治疗根本原因，因此在使用退烧药的同时，还应针对病因进行治疗。
3.观察病情：在接种乙脑疫苗后，应密切观察病情变化，如果出现高热、寒战、头痛、恶心、呕吐等异常症状，应及时就医。
4.就医建议：如果体温持续升高或伴有其他不适症状，应及时就医，进行相关检查和治疗。在就医时，应告知医生接种乙脑疫苗的情况，以便医生进行准确的诊断和治疗。
需要注意的是，以上内容仅供参考，如果您对接种乙脑疫苗后出现发热等不适症状，建议及时就医，在医生的指导下进行治疗。同时，在接种乙脑疫苗后，应注意休息，避免劳累和剧烈运动，保持饮食清淡，多喝水，注意观察病情变化。