乙脑疫苗是一种生物制品，接种后可能会引起一些不良反应，其中发热是比较常见的一种。打乙脑疫苗后发烧39℃，可能是以下原因引起的：
1.疫苗本身的反应：乙脑疫苗是一种弱毒活疫苗，接种后可能会刺激机体产生免疫反应，从而引起发热。这种发热通常是一过性的，体温一般不会超过38.5℃，而且会在1-2天内自行消退。
2.接种后的巧合反应：在接种乙脑疫苗的同时，可能正好感染了其他病原体，如细菌、病毒等，从而引起发热。这种发热通常会伴有其他症状，如咳嗽、流涕、咽痛等。
3.个体差异：每个人的体质不同，对疫苗的反应也不同。有些人可能对疫苗中的某些成分过敏，从而引起发热。
如果接种乙脑疫苗后出现发烧39℃，可以采取以下措施：
1.物理降温：用温水擦拭手心、腋窝、腹股沟等部位，或者使用退热贴等。
2.多喝水：多喝水可以促进体内代谢，帮助体温下降。
3.观察病情：密切观察体温变化，如果体温持续升高或者出现其他不适症状，如头痛、恶心、呕吐等，应及时就医。
4.就医治疗：如果体温超过38.5℃，或者出现其他严重症状，应及时就医，并告知医生接种乙脑疫苗的情况。医生会根据病情给予相应的治疗，如使用退烧药、抗病毒药等。
需要注意的是，接种乙脑疫苗后出现发烧39℃是一种常见的不良反应，大多数情况下是可以自行缓解的。但是，如果症状持续加重或者出现其他异常情况，应及时就医，以便及时诊断和治疗。同时，接种疫苗后应注意休息，避免剧烈运动，保持接种部位清洁干燥，避免感染。