乙脑疫苗是预防流行性乙型脑炎的有效措施，大多数人接种后不会出现不良反应，但个别人可能会出现一些不适症状，比如发烧。接种乙脑疫苗后发烧39℃，可能是以下原因引起的：
1.疫苗反应：乙脑疫苗属于一种灭活疫苗，接种后可能会刺激身体的免疫系统，产生一系列的免疫反应，从而引起发烧。这种发烧通常是一过性的，体温会在1-2天内自行恢复正常。
2.感染：接种疫苗后，人体的免疫力会暂时下降，此时如果接触了病原体，就容易发生感染，从而引起发烧。这种发烧通常还会伴有其他症状，如咳嗽、流涕、咽痛等。
3.其他因素：接种疫苗后，还可能出现一些其他不良反应，如过敏、局部红肿等，这些不良反应也可能导致发烧。
如果接种乙脑疫苗后发烧39℃，可以采取以下措施：
1.物理降温：用温水擦拭手心、脚心、腋窝等部位，或者使用退热贴等。
2.多喝水：多喝水可以促进身体代谢，帮助体温下降。
3.观察病情：密切观察体温变化，如果体温持续升高或者出现其他不适症状，应及时就医。
4.就医：如果体温超过38.5℃，或者出现其他严重症状，如抽搐、意识不清等，应及时就医，并告知医生接种疫苗的情况。
需要注意的是，接种乙脑疫苗后发烧39℃并不一定是异常现象，大多数情况下是疫苗的正常反应。但如果出现严重症状，应及时就医，以便进行正确的诊断和治疗。同时，接种疫苗后应注意休息，避免剧烈运动，保持接种部位的清洁干燥。