乙脑疫苗是预防流行性乙型脑炎的有效措施。乙脑疫苗注射后，少数人可能出现局部红肿、疼痛，或出现发热、头痛等不适，一般不需要特殊处理，但如果体温超过38.5℃，或发热持续时间较长，或伴有其他不适症状，应及时就医。
乙脑疫苗注射后发烧39度，可能是疫苗的不良反应，也可能是其他原因引起的发烧。以下是一些可能的原因和处理方法：
1.疫苗不良反应：乙脑疫苗是一种生物制品，注射后可能会引起发热等不良反应。这种发热通常是自限性的，一般会在1-2天内自行消退。如果体温超过38.5℃，可以服用退烧药，如布洛芬或对乙酰氨基酚等。同时，要注意多喝水，以补充因发热而流失的水分。
2.感染：注射乙脑疫苗后，人体的免疫力可能会暂时下降，容易感染细菌或病毒，从而引起发烧。如果同时伴有咳嗽、流涕、咽痛等症状，可能是感冒或其他呼吸道感染。应及时就医，进行相关检查和治疗。
3.其他原因：注射乙脑疫苗后，还可能出现其他不良反应，如过敏反应、神经系统反应等。如果发烧伴有皮疹、呼吸困难、抽搐等症状，应立即就医，进行急救处理。
需要注意的是，乙脑疫苗注射后发烧39度，如果持续时间较长或伴有其他不适症状，应及时就医，以便明确原因，并进行相应的治疗。同时，在注射乙脑疫苗后，要注意休息，避免剧烈运动，保持注射部位的清洁干燥，避免感染。如果出现严重的不良反应，应及时告知医生。