孕后期臀部两侧骨头痛，其原因主要包括以下几方面：
一、胎儿或羊水负荷过重导致后侧骶髂关节负担过重，引发骶髂关节周围炎症，从而产生疼痛。这是因为随着孕期的进展，胎儿不断发育长大以及羊水逐渐增多，会使后侧骶髂关节承受的压力剧增，长时间的过度负荷就容易诱发此处关节周围出现炎症反应，进而导致明显的疼痛不适。
二、可能与骨质疏松有关。由于胎儿生长过程中会大量消耗母体内的钙质，若此时孕妇的营养补充跟不上，就极易出现骨质疏松。这样一来，就容易在腰椎、骨盆以及下肢等部位出现骨性疼痛，臀部两侧骨头也可能受到影响。
三、可能是孕妇长期挺起腹部，造成臀部以及腰骶部位的肌肉过度疲劳而产生酸痛，而这种酸痛有时可能会被误认为是骨性疼痛。孕妇为了保持身体平衡和适应孕期的变化，会不自觉地长时间保持特定姿势，这就容易使相关部位的肌肉处于紧张和疲劳状态，从而引发疼痛。
四、可能在妊娠后期出现腰椎间盘突出或坐骨神经痛等周围神经病变，进而引起放射性疼痛，让孕妇感觉像是骨性疼痛。在孕后期，孕妇身体的各种变化以及负担的增加，可能会诱发这类神经病变，导致疼痛从腰部或臀部等部位沿神经走向放射，使人产生错误的认知。
总之，孕后期臀部两侧骨头痛可能由多种原因引起，需要综合多方面因素进行分析和判断，以便采取合适的应对措施。